Er kan veel gebeuren in één schooljaar. Halfbroers Nathan en Lucas Scott waren eerst zowel op als buiten het basketbalveld in een bittere strijd verwikkeld, maar hebben nu als broers een hechte band gekregen. Er komen echter nog genoeg drama's, trauma's, voorbeelden van toewijding en verraad en allerlei andere verwikkelingen aan. Seizoen twee is een boeiende voortzetting van deze indringende saga over geheimen die verborgen blijven, of juist aan het licht komen. Lucas trekt bij Dan in, om degenen van wie hij houdt te beschermen. Brooke en Peyton maken het weer goed, en voor beide vriendinnen breekt een roerig jaar op romantisch gebied aan. Het huwelijk tussen Nathan en Haley vertoont scheurtjes. Nieuwkomers op Tree Hill High School drijven de emoties hoog op, en op de achtergrond manipuleert de wraakzuchtige Dan Scott alle anderen, als een kwaadaardige marionettenspeler. Toch zijn er dingen die hij zelfs niet kan sturen...