这个各角落都被探索殆尽的世界,只剩唯一仅存的秘境——大洞穴“阿比斯”。在这个会延伸到哪里不得而知,且深不见底的巨大纵向洞穴中,除了栖息着各种奇奇怪怪的生物之外,还藏有现今人类制作不出来的珍贵遗物。“阿比斯”处处不可思议的景象,让人们为之着迷,并前仆后继地前去冒险。于是,数度挑战这巨洞的冒险家们,后来便被称为“探窟家”。住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可,梦想着有一天要成为像母亲那样的伟大探窟家,力图解开阿比斯的谜团。有一天,莉可母亲的白笛被人发现,让她毅然决定要潜入阿比斯深处。而莉可收留的失忆机器人·雷古为了找回自己的记忆,也决心和她同行。莉可在深界四层遭受穿弹兽的毒素折磨,而救了她的人就是“生骸”娜娜奇。娜娜奇加入后,他们继续往波多尔多所在的深界五层冒险。在那里,遇到一个自称是普鲁修卡的女孩。