На черепашок і їхні загадкові ніндзя-сили чекає надважке випробування — безжальні створіння з іншого всесвіту намагаються занурити весь світ у хаос. Таємничий незнайомець прибуває з майбутнього із моторошним попередженням, Лео мусить подорослішати і повести своїх братів, Рафа, Донні та Майкі, на боротьбу, щоб врятувати світ від жахливого інопланетян...